Hardware Requirements (recommended): 2+ Gb memory (4-8+ Gb), 10+ Gb Hard Drive space (50+ Gb)
Software Requirements: Unix compatible OS (or cygwin), perl, gcc, make, wget (optional for full functionality: R, DESeq2, blat, bedGraphToBigWig, liftOver)
License: GPLv3

Zootechnie Generale

3. L'Évolution Moderne : Bien-être Animal et Santé Globale

Utilizing DNA markers (SNPs) to predict an animal's breeding value at birth, drastically shortening generation intervals. 3. Animal Nutrition and Feeding

| Technique | Principe | Application | |-----------|----------|--------------| | Insémination artificielle | Dépôt de semence dans l’utérus | Progrès génétique, lutte contre MST | | Transfert embryonnaire (TE) | Prélèvement d’embryon sur donneuse “élite” vers réceptrices | Multiplier la descendance des meilleures femelles | | Sexage de la semence | Tri des spermatozoïdes X/Y | Produire 90 % de femelles (lait) ou mâles (viande) | | Fécondation in vitro (FIV) | Production d’embryons en labo | Sauvegarde génétique, limitation du transport d’animaux vivants |

A newer focus area is the quantitative study of how animals develop over time, which directly impacts the quality of final agricultural products. zootechnie generale

: Les intrants mobilisés (surfaces agricoles, aliments, eau).

Choix des meilleurs individus pour la reproduction afin de transmettre les caractères désirés (production de lait, gain de poids, qualité de la carcasse).

La science zootechnique intègre désormais des critères éthiques basés sur cinq principes fondamentaux : Absence de faim, de soif et de malnutrition. Absence de peur et de détresse. Absence de stress physique ou thermique. Absence de douleur, de blessures et de maladies. Animal Nutrition and Feeding | Technique | Principe

Husbandry practices, including animal handling, housing, and health management, have a significant impact on animal welfare and productivity. Good husbandry practices can reduce stress, improve health, and increase productivity, while poor practices can lead to animal suffering and decreased productivity.

Ultimately, studying Zootechnie Générale teaches us a humility that other disciplines lack. We cannot force biology; we can only guide it. If we push a biological system beyond its homeostatic limits, it collapses. This is a lesson the modern world desperately needs to relearn.

: Improving breeds through hereditary traits. Absence de douleur

Zootechnie générale is evolving rapidly to address global pressures:

La zootechnie est l’ensemble des sciences et techniques mises en œuvre dans l’élevage des animaux pour la production alimentaire, de vêtements, ainsi que pour la traction et les loisirs. Son objectif principal est d’optimiser la production animale pour répondre aux besoins de l’humanité tout en assurant la santé et le bien-être des animaux. Cette discipline intègre des applications de plusieurs champs scientifiques :

La zootechnie moderne intègre l’évaluation de la souffrance liée aux manipulations (e.g., échographies rectales). Des alternatives (échographie transabdominale, prises de sang sur lait) se développent.

homer2 program - key executable for HOMER motif discovery (homerCppOnly.*.zip). (This archive actually contains all of the c++ executable, not just homer2).  Unzip in the desired directory and simply type "make" to compile the program.

The configuration script really doesn't deal with older versions, but you can download older versions yourself should you really feel like using inferior data or software!

Old Versions of HOMER Software
Old Versions of Organism Packages
Old Versions of Promoter Packages
Old Versions of Genome Packages

Change Log - Short description of recent changes

update.txt - Current HOMER configuration list (Currently support human hg17/hg18/hg19, mouse mm8/mm9, rat rn4, X. tropicalis xenTro2, drosophila dm3, and C. elegans ce6, Zebrafish danRer7, yeast sacCer2, Arabidopsis tair10, Rice msu6, Pombe ASM294v1)